1.改进土壤营养供给状况

菌肥主要通过各种菌剂促进土壤中难溶性营养的溶解、开释。菌剂在代谢过程中开释出很多的无机有机酸性物质，促进土壤中微量元素硅、铝、铁、镁、钼等的开释及螯合，有用打破土壤板结，促进团粒结构的构成，使被土壤固定的无效肥料转化成有用肥料，改进了土壤中营养的供给状况、通气状况及疏松程度。

1.促进作物生长

菌肥的运用，促进了刺激素的发生，调理、促进作物的生长发育。菌剂的运用，能够促进赤霉素、生长素和其他活性物质的发生。

1.增强作物抗病抗逆才能

菌肥中部分菌种具有排泄抗菌素和多种活性酶的功用，抑制或杀死致病真菌和细菌；很多的田间试验证明，菌肥的应用能够降低病虫害发生率及增强作物的抗逆性能。