微生物菌肥运用前后，运送，存放和土壤环境直接影响微生物菌肥运用作用。所以在不适合的环境中，会导致有利微生物菌的活性降低。

运送或存储时具体适合的环境以及留意事项：

留意1.光照：微生物菌忌暴晒（由于它们是在土壤中生长的）。

留意2.温度：存储放置时，温度不能太高也不能太低，更不能忽高忽低

留意3.土壤：见干见湿的土壤湿度最为适合，根据土壤情况施用菌肥，，土壤酸碱度也要留意，微生物菌肥当中的部分微生物菌，比方根瘤菌和固氮菌，土壤呈中性和微碱性都可以。微生物菌肥具有降解和转化土壤中有毒物质的才能。这种生物修复是土壤修复的各种办法中最经济有效的办法。